博愛手語教會前身原為一群聾啞青年的查經佈道所，不屬任何教派，於1990年2月始由吳信蒼先生帶領於庫倫街自宅查經聚會，初始聚會人數5人。同年3月成立佈道所，除查經外開始有一般性的禮拜程序，時與會人數9人。該年10月7日並帶領謝仁博、陳桂芳、吳建興、林麗珍、李秀鈴、范姜秀英、林文鎮等七名教友接受宣道會內湖堂林秀庭牧師的浸洗禮。
在這期間吳信蒼先生乃為帶職事奉者，每月第二、四週主日亦前往台南「博愛基督教聾啞福音會」（即現高雄手語教會台南分區），帶領敬拜聚會，如此持續約兩年，至台南歸屬高雄手語教會。因著參與高雄手語教會的設立，與故輪椅上陳博文牧師有所接觸，進而瞭解台灣基督長老教會之宗旨，經全體教友之認同願歸屬於台灣基督長老教會體制之下。
1992年經由陳博文牧師的關懷與引介，得到當時台北中會周英一牧師與傳道部部長夏德輝牧師的支持，及百齡長老教會楊國保牧師與全體長執的接納，於12月6日於百齡教會正式成立「博愛手語教會」，隸屬台北中會百齡教會支會，並聘吳信蒼先生為囑託，時聚會人數為12人。
1993年元月由楊國保牧師正式將已受洗會友納入教會會籍，並由前佈道所同工陳桂芳、吳建興、林麗珍、李秀鈴、謝仁博、林文鎮、范姜秀英等暫組委員會推展教會事工。
1994年百齡教會小會議長楊國保牧師推薦吳信蒼先生投考台灣神學院錄取，從大學部教會與社會系裝備造就，於1998年6月畢業，同年7月考入台灣神學院研究所道學碩士班研讀，並於2002年6月畢業，這八期間仍一面受神學造就，一面在博愛手語教會實習牧會。2002年8月得台北中會正式派任為博愛手語教會傳道師。
2003年10月得百齡教會小會協助主持召開本會臨時會員大會選出吳建興及謝仁博等二名執事，並2006年 8月選出吳建興、謝仁博二位長老，及范姜秀英一名執事。為使教會事工得以更順利推展，又於2007年10月補選一名執事－張文欽。
為協助博愛手語教會宣教事工之發展，台北中會接納百齡教會母會之轉讓申請，於2007年12月正式接納博愛手語教會為台北中會直屬支會，由傳道部關懷輔導，並派任羅仁貴牧師為博愛手語教會小會議長。更於2008年1月20日假馬偕紀念教會禮拜堂辦理舉行吳信蒼傳道師封牧就任博愛手語教會感恩禮拜。教會並於2008年11月遷於台灣基督長老教會總會地下室北區大專學生中心做為每主日固定聚會地點。
